Nel documento del canonico e archeologo Andrea De Jorio, vi è gia preciso riferimento alla trasformazione della cava a luogo di culto, ("....fu costruito un muro ed un altare...") avvenuto verso la fine del 1700. Dalla metà del1800 circa, un gruppo di popolane del rione Sanità, denominate "e' maste", riordinò tutti i resti mortali ammassati disordinatamente all'interno della cavità nel corso delle varie epoche. Tutte le ossa furono disposte in una sorta di "pietas popolare" a ridosso delle pareti tufacee seguendo scemi e raggruppamenti ben precisi. Questa sistemazione è ricordata con una lapide all'esterno della chiesa di Maria S.S. del Carmine realizzata alla fine dell'800 e tende a ricordare tutti coloro che morirono in occasione delle pestilenza, in povertà o nelle carceri e classificati pertanto come resti mortali "anonimi".
A guidare e coordinare i fedeli nella opera di sistemazione dei resti mortali è stato il canonico Gaetano Barbati, fondatore e promotore di un'Opera pia per il suffragio delle "anime in pena". Nel marzo del 1872 il cimitero delle Fontanelle venne aperto al pubblico e le chiavi dal Municipio vennero consegnate al parroco di Materdei. Grazie a Barbati e al Cardinale Sisto Riario Sforza fu istituita un'Opera di suffragio ai defunti nel detto cimitero"...adibendo a chiesa provvisoria la prima cava, sgombrata all'uopo dagli ossami con gran concorso di popolo ...". Il 13 maggio 1877 fu celebrata nel cimitero una prima manifestazione religiosa alla presenza del Cardinale Sforza che prese parte anche alla processione che seguì il detto rito di pietà ed espiazione.
Dal 1884, anno in cui fu terminato il riordino dei resti umani, la "pietas popolare" napoletana si è rivolta alle "ossa e crani anonimi" con devozione religiosa familiare, con un culto che spesso richiama arcaiche tradizioni di tipo pagano. Alle anime in pena si rivolgevano amorevoli cure e suffragi, garantendo loro il cosiddetto "refrisco". Questo "refrigerio" sarebbe poi stato successivamente ricambiato con l'intercessione dell'anime in pena per la protezione del fedele nei momenti di bisogno. I napoletani, in un clima di venerazione e culto anonimo, iniziarono dunque ad esprimere la propria devozione verso un ideale diverso dalla santità.
La devozione spinta fino all' "adozione" del teschio e la collocazione di immaginette votive e messaggi scritti all'interno dei reliquari esprimeva una forma di equilibrio tra il culto dei Santi e la devozione popolare delle anime del purgatorio. Il grande numero di urne devozionali site nel Cimitero delle Fontanelle rappresentano i ringraziamenti dei fedeli per le grazie ottenute con l'intercessione delle anime in pena. Le "Maste", ossia le popolane-devote alle quali la tradizione locale aveva attribuito una particolare sensibilità per il culto delle anime purganti, hanno aiutato migliaia di fedeli nella ricerca delle anime particolarmente bisognose di cure e preghiere. All'interno del cimitero si snodavano le processioni religiose, e venivano recitate le caratteristiche "giaculatorie e litanie" per le anime in pena, tra le tante una:
Anime sante, anime purganti,
Io son sola e vuie siete tante
Andate avanti al mio Signore
e raccontateci tutti i miei dolori
Prima che s'oscura questa santa giornata
da Dio voglio essere consolata.
Pietoso mio Dio col sangue Tuo redento
a tutte le anime del Purgatorio salutammelle a tutti i momenti,
Eterno Riposo
In un ambiente cosi suggestivo e magico non potevano non nascere le varie personificazioni delle "anime pezzentelle". Ecco dunque nascere la figura di Lucia, una giovinetta morta subito prima del matrimonio o, le presenze di uomini morti in guerra, principesse cavalieri. Talvolta poi, i teschi hanno una storia e un nome trasmessi attraverso racconti tramandatisi nel tempo; è il caso del "monaco" (o' capa e Pascale) in grado di far conoscere i numeri vincenti al gioco del lotto, quella del "capitano", figura di riferimento emblematica del cimitero delle fontanelle o quella di "donna Concetta" nota più propriamente come "a' capa che suda". Altro aspetto significativo è legato alle leggende sulle storie dei bambini in particolare quella di "Pasqualino".
"Io ero ciò che tu sei; tu sarai ciò che io sono"
La Morte
Suggestiva è la pratica delle adozioni di alcuni teschi che, di solito, venivano messi in teche e venerati o per grazia ricevuta o per voto o per fede. Nacquero così numerose storielle, tra cui quelle già ricordate dei due teschi che sudano e quella del Capitano.
Questo teschio era stato adottato da una povera ragazza, ad esso ella rivolge tutte le sue cure e preghiere, supplicandolo perché le facesse trovare marito. Così avvenne e, prima di andare all'altare, la giovane volle ringraziare il teschio per la grazia ricevuta. Il giorno delle nozze tutti erano attirati dalla presenza in chiesa di uno strano tipo vestito da soldato spagnolo; questi, al passaggio degli sposi, sorrise alla ragazza e le fece l'occhiolino. Il marito, ingelosito, lo affrontò e lo colpì ad un occipite con un pugno.
Tornata dal viaggio di nozze, la giovane si recò subito al cimitero per ringraziare ancora il suo teschio e lo trovò con una delle orbite completamente nera. Si gridò al miracolo ed il teschio in questione fu indicato come il "Teschio del Capitano".
In seguito gli furono attribuiti anche altri miracoli.
Anima bella venitemi in sogno e fatemi sapere come vi chiamate.
Fatemi la grazia di farmi uscire la mia serie della cartella
Nazionale. Anima bella fatemi questa grazia, a buon rendere...
Napoli 3/4/1944
La famiglia dell'Aviere Lista Ciro trovandosi senza notizie di suo figlio da pochi
giorni dopo l'Armistizio e quindi sono otto mesi ed essendo devota di voi aspetta
con tanta fede da voi la bella grazia.