Nel corso della realizzazione delle stazioni Duomo e Municipio, sono stati rinvenuti reperti di inestimabile valore (santuario extraurbano di età ellenistica e uno di epoca romana dove si svolgevano i "Giochi isolimpici", navi romane) che devono essere recuperati su prescrizione della Soprintendenza. Ciò ha determinato l'esecuzione di attività archeologiche importanti ed imponenti che comprendono: lo scavo assistito, lo scavo stratigrafico, il recupero dei reperti, la catalogazione, la custodia, il restauro, il rimontaggio e l'installazione. Il completamento della tratta Dante - Garibaldi - CDN si basa anche sul restauro e la ricollocazione di questi reperti all'interno delle stazioni.